Zbirka zastava brojem predmeta mala je u odnosu na ostale zbirke, ali je unikatnošću primjeraka vrlo vrijedna. Čine ju zastave i zastavne vrpce koje su posebno izrađivane uz zastave. Zastavne vrpce, vrlo neujednačene vrijednosti, brojniji su dio Zbirke. Dvadeset zastava bilo je ugroženo zbog lošeg stanja materijala do te mjere da su neki primjerci bili gotovo pred otpisom. No, zahvaljujući restauraciji, koja traje tridesetak godina, uspjelo se restaurirati trinaest zastava i dvije slike sa zastava velikih formata i tako spriječiti njihovo potpuno propadanje. Zastave su izrađene od plemenitog materijala, uglavnom svilenog damasta ili brokata, s obostranim uljanim slikama na platnu ili koži, ukrašenih pozamanterijom, svilenim resama, bogato izvezenim pretežno biljnim motivima i nazivima cehova, udruga, njihovim simbolima te godinama izrade. Prema porijeklu, najveći dio Zbirke čine zastave strukovnih i građanskih udruga s područja grada Osijeka od 18. do prve polovice 20. stoljeća dok je manji dio predmeta pripadao još osječkoj gimnaziji, građanskoj gardi iz različitih razdoblja, vatrogasnim i sportskim društvima. Zastave strukovne provenijencije po tipologiji još uvijek ima sve karakteristike razdoblja feudalizma premda ne potječu iz tog razdoblja. Ugrubo ih se lako može izdvojiti od ostalih iz Zbirke jer su prepoznatljive po ikonografskim prikazima svetaca, natpisima s eventualnim imenom ceha, godinom izrade tj. posvete, prepoznatljivim natpisom molitve, prikazima prizora i amblema tipičnih za ceh itd. U najlošijem stanju bile su upravo te cehovske, najstarije zastave. Do lošeg stanja nije dovela samo starost materijala već i česta upotreba u vrijeme postojanja cehova kada su nošene na svečanostima, procesijama i sprovodim, pa je vremenom dolazilo do njihova oštećenja i propadanja. Po svemu sudeći, tijekom18. stoljeća u upotrebi je bilo poprilično takvih zastava, ali ni jedna, osim zastave ceha pekara iz tog razdoblja nije sačuvana jer su cehovi nakon istrošenosti zastave dali praviti novu. U širokom vremenskom rasponu od 1800. do 1940. sačuvano je u Muzeju trinaest cehovskih zastava i zastava udruženja koja se nastavljaju na cehove pa već taj podatak dosta govori o bogatom cehovskom životu u Osijeku. Posveta cehovske zastave obavljala se u Osijeku obično ispred crkve sv. Mihovila u Tvrđi i bila je društveni događaj prvoga reda kojem je prisustvovalo mnoštvo građana. Bile su to najveće javne manifestacije u gradu koje bi okupljale do deset tisuća ljudi te bi trajale dva dana. Svaki bi ceh svoju zastavu čuvao u župnoj crkvi u kojoj je održavao mise (Tvrđi, Gornjem gradu ili Donjem gradu) pored oltara o kojem se brinuo. Od osječke građanske garde sačuvale su se četiri zastave što je veliki broj za neku gradsku sredinu s ovakvom vrstom organizacije. One pokrivaju cijelu povijest postojanja garde – od 1807., te su zapravo sačuvane sve zastave ove organizacije, do zadnje iz 1917. Dakle, u vremenu napoleonskih ratova mogu se tražiti začeci građanske garde, a njezin kraj pred završetak Prvog svjetskog rata. U Zbirci je i šest zastava osječkih pjevačkih društava od kojih je najstarija zastava Osječkog pjevačkog društva iz 1863. Sva ovakva društva koja su bila veća i značajnija, te nešto duže potrajala, imala su svoje zastave. U Muzeju Slavonije sačuvane su zastave svih značajnih osječkih glazbenih i pjevačkih društava pa predstavljaju malu, ilustriranu povijest pjevanja u Osijeku unutar samo jedne zbirke. Ostalih jedanaest zastava vrlo je različite kvalitete i kulturno-povijesnog značaja. Među njima, od najvećeg značaja je zastava osječke gimnazije 1842., kao jedina sačuvana školska zastava u Osijeku i najstarija sačuvana školska zastava u Hrvatskoj. Trošak izrade, tj. nabave zastave bio je znatan pa se novac izvanredno sakupljao duže vrijeme. Sve do kraja 19. stoljeća nabavljalo ih se obično iz Beča u kojem je najviše radionica i dobavljača zastava. Neki od tamo nabavljaju i kasnije – sve do propasti Monarhije, kada je većina zastava već bila domaće izrade. Zastave novijeg datuma rađene od lošijeg materijala i u većim serijama. Iako prve zastave Muzej nabavlja još krajem 19. stoljeća, većina postaje dijelom fundusa između dva svjetska rata, te neposredno nakon Drugog svjetskog rata. Zbirka je registrirana 2012. u Registru kulturnih dobara Republike Hrvatske – Lista zaštićenih kulturnih dobara. Zastave, kao društveni simboli, imaju veliku dokumentarnu važnost za povijest društvenog, gospodarskog, vjerskog i kulturnog života Osijeka posljednjih 200 godina te se nastoje tako i vrednovati.